Als das Spiel nach Boston verlegt wurde, verspielten die Nets einen 26-Punkte-Vorsprung im dritten Viertel. Jason, der in den letzten 12 Minuten des Spiels nicht mehr punkten konnte, nahm einen Großteil der Schuld an der 94:90-Niederlage auf sich. Was ihn am meisten ärgerte, war die Art und Weise, wie Joumana und T.J. während des Spiels verspottet wurden. Mit dieser Erkenntnis im Hinterkopf führte er New Jersey in Spiel 4 zu einem 949:92-Sieg und ließ anschließend das Bostoner Publikum an sich vorüberziehen. Die wiedererstarkten Nets gewannen die nächsten beiden Spiele und zogen damit zum ersten Mal in die NBA-Finals ein. Mit 15 Punkten, 13 Rebounds und 13 Assists in Spiel 6 wurde Jason der erste Spieler seit den 1960er Jahren, der drei Triple-Doubles in einer Playoff-Serie erzielte.
Das Finale gegen die Lakers erwies sich als das Missverhältnis, das jeder vorhergesagt hatte. Die Nets hatten keine Möglichkeit, Shaquille ONeal zu stoppen, und Kobe Bryant machte jeden großen Wurf, den er versuchte. Jason versuchte, New Jersey wieder aufzurichten, aber die Last war zu groß, um sie zu tragen. Es war nichts mehr im Tank. Die Lakers gewannen die Serie mit vier Siegen in Folge und holten sich den dritten Titel in Folge.
Jason begann die Saison 2002/03 mit der Welt zu seinen Füßen. Als Free Agent am Ende der Saison diktierte er den Nets, wie er das Team aufbauen wollte. Der wichtigste Schritt, den New Jersey in der Offseason machte, nämlich Van Horn und MacCulloch gegen Dikembe Mutumbo zu tauschen, geschah zum Teil, um ihn zu besänftigen. Der Deal verschaffte den Nets eine interessante Starting Five, in der Jefferson die Frontline mit Martin und Mutumbo ausfüllte. Leider verletzte sich der große Mann und verpasste fast die gesamte reguläre Saison.
Trotz des Verlustes von Mutumbo bestätigten die Nets ihren Status als eines der Top-Teams im Osten. Bis Dezember sah es so aus, als würde New Jersey davonlaufen und sich vor dem Rest der Conference verstecken. Jefferson und Martin reiften zu Stars heran, und die Nebendarsteller wechselten sich ab, um von der Bank aus zu glänzen. Jason genoss derweil eine weitere MVP-ähnliche Saison. Er verbuchte 12 Double-Doubles und zeigte eine dominantere Scoring-Qualität als in den vergangenen Jahren.
Im Laufe der Saison fanden die Gegner Wege, den Fastbreak von New Jersey zu verlangsamen, und das Team tat sich manchmal schwer im Halbfeldspiel. Jason beendete das Jahr mit glänzenden Statistiken – 18,7 ppg, 8,9 apg und 6,3 rpg – aber es gab mehr Fragen als Antworten, als es in die Playoffs ging. Mit einer Bilanz von 49:33 war der Klub der Zweitplatzierte im Osten und verlor den ersten Platz an Detroit. Das bedeutete, dass die Nets, sollten sie in die Conference Finals gegen die Pistons einziehen, keinen Heimvorteil haben würden.
Fans und Medien fragten sich, ob New Jersey das Erstrundenspiel gegen Milwaukee überstehen würde. Vor der Trade-Deadline hatten die Bucks Gary Payton erworben und ihn im Backcourt mit Sam Cassell gepaart. Milwaukee stellte nun eine große Herausforderung dar. Die Nets waren der Sache gewachsen. Hinter Jasons 14-Punkte- und 14-Assist-Leistung in Spiel 1 setzten sie mit einem 109-96-Sieg ein Zeichen. Obwohl die Bucks drei Nächte später gewannen, erwies sich New Jersey als das kampferprobtere Team. Die Nets gewannen drei der nächsten vier Spiele, demontierten Milwaukee und zogen ins Halbfinale ein. Jason erzielte dabei sein erstes Triple-Double in der Postseason.
Von da an schaltete das Team auf Hochtouren. In der nächsten Runde traf New Jersey auf die Celtics und fegte sie in vier Spielen vom Platz. Die Nets schlugen Boston in jeder Phase des Spiels und waren in allen Belangen überlegen. Jason tat alles, was sein Team von ihm verlangte. Zweimal schnappte er sich 10 oder mehr Bretter in einem Spiel, und in Spiel 4 führte er alle Scorer mit 29 Punkten an.
New Jersey zog mit Blick auf den NBA-Titel in die Conference Finals ein. Gegen die Pistons – ein schwerfälliges Team mit einer erdrückenden Verteidigung – waren die Nets entschlossen, Feuer mit Feuer zu bekämpfen. Das Ergebnis war eine enge Serie, in der keines der beiden Teams viel Raum zum Agieren hatte. New Jersey setzte sich in den ersten beiden Spielen in Detroit mit zwei Zwei-Punkte-Siegen durch. Martin war der Held und sorgte mit seiner Fähigkeit, ein Spiel in der Offensive zu übernehmen, für Aufsehen. Jason war klug genug, seinem tätowierten Teamkollegen den Ball zuzuspielen und ihn sein Ding machen zu lassen.
Zurück in New Jersey sahen die Pistons aus wie ein Team, das wusste, dass es am Ende war. Jason spürte ihre Verzweiflung und übernahm die komplette Kontrolle über die Serie. In Spiel 3 erzielte er 34 Punkte und führte Detroit zu einem 97:85-Sieg. Zwei Tage später erlöste er die Pistons von ihrem Elend. Die Nets bereiteten sich auf ihre zweite Reise zu den NBA-Finals in ebenso vielen Jahren vor, dieses Mal gegen die Spurs.
Im Raum New York gaben die Medien den Nets keine Chance, San Antonio zu schlagen. Duncan war der beste Spieler der NBA, und wenn er sich mit Robinson zusammentat, hatten die Spurs einen klaren Vorteil in der Farbe. Mit Point Guard Tony Parker und Swingman Emanual Ginobili verfügte San Antonio über eine eklektische Kombination von Talenten.
Duncan und Parker waren die Stars in Spiel 1, als San Antonio mit einem Lauf im dritten Viertel einen 101:89-Sieg einfuhr. Jason drehte den Spieß zwei Nächte später um, indem er im vierten Viertel ein paar unmögliche Bankschüsse traf, um einen 87:85-Sieg zu besiegeln. In den nächsten drei Spielen in New Jersey hatten die Nets die Chance, den Titel vor heimischer Kulisse zu gewinnen. Doch es sollte nicht sein. Duncan war einfach zu viel. Er punktete immer dann, wenn die Spurs einen Korb brauchten, fand den freien Mann jedes Mal, wenn er am Korb gedoppelt wurde, und dominierte das Spiel um den Korb an beiden Enden.
New Jersey erkämpfte sich in Spiel 4 einen 77:76-Sieg, was vor allem an Jason lag, der in der Schlussphase von der Foullinie traf. San Antonio hingegen führte seinen Spielplan perfekt aus. Indem sie Martin, Jefferson und Co. ausschalteten, zwangen die Spurs Jason dazu, mehr zu punkten. Da er nicht mehr so effektiv war, wenn er als Erster traf, musste er zu viel alleine machen, und New Jersey wurde in der Offensive vorhersehbar ineffizient. Als San Antonio das fünfte Spiel gewann, war die Serie so gut wie entschieden.
Die Nets kamen mit viel Schwung aus der Kabine, als das Spiel wieder nach Texas verlegt wurde, aber ein 19:0-Lauf der Spurs nach der Pause brachte Jason und seine Teamkollegen endgültig unter die Räder. San Antonio holte sich die Krone, Duncan wurde zum MVP ernannt und Jason – der einen Großteil der Schuld an der schockierenden Pleite in Spiel 6 trug – konnte sich nur damit herausreden, dass die Spurs der bessere Verein waren.
Danach war Jason auffallend unverbindlich, was seine Zukunft anging. Während einige davon ausgingen, dass der zweite Einzug in die NBA-Finals in Folge seine Rückkehr nach New Jersey besiegeln würde, deutete er etwas anderes an. Er suchte den sichersten Weg zu einer Meisterschaft. Er erwog, zurück in den Westen zu gehen, wo die meisten der stärksten Teams der NBA beheimatet sind.
Jason dachte auch daran, was das Beste für Joumana und die Kinder war. Nach der Geburt seiner Zwillinge, Miah und Jazelle, im Jahr 2001 wurde die Familie noch wichtiger für ihn. Das Ableben seines Vaters und der Tod von Jim Hadnot und Frank LaPorte hatten ebenfalls Auswirkungen auf ihn. Ein weiterer Schock für sein System kam im Oktober 2002, als Gary Mack starb. Mack war der Berater und Sportpsychologe in Phoenix, der ihm bei seinen Eheproblemen half.
Schließlich musste sich Jason zwischen dem Titelverteidiger Spurs und den Nets entscheiden. Als New Jersey mehr Geld bot, stand seine Wahl fest. Er stimmte einem Sechs-Jahres-Vertrag über 99 Millionen Dollar zu und begann mit den Vorbereitungen für eine weitere Chance auf einen NBA-Titel.
Um Jason zu besänftigen, verpflichteten die Nets Center Alonzo Mourning, um ihren Frontcourt zu verstärken. Der Schachzug erwies sich als katastrophal. Ein Nierenleiden behinderte Mourning das ganze Jahr über, und er war im Januar 2004 nach nur 12 Spielen fertig. Ohne ihn hatten die Nets zu kämpfen. Nur zwei Spiele über .500 in der Mitte der Saison, entließen sie Scott und ersetzten ihn durch den Assistenten Lawrence Frank. Der babygesichtige Trainer sorgte für den Funken, den New Jersey brauchte – der Club gewann 13 Spiele in Folge und kletterte zurück an die Spitze im Osten.
Die Nets mussten auch eine Knieverletzung von Jason überstehen, die ihn zwang, 15 Spiele zu verpassen. Aber das Team hielt sich über Wasser, dank des starken Spiels von Martin und Jefferson. New Jersey beendete die Saison mit einer Bilanz von 47:35, gut genug für den Titel in der Atlantic Division und den zweiten Platz in den Playoffs. Jason beendete die Saison mit durchschnittlich 15,5 Punkten, 9,2 Assists (Spitzenwert in der NBA) und 6,2 Rebounds.
New Jersey traf in der ersten Runde auf die übermächtigen Knicks und besiegte sie in vier Spielen. Dadurch kam es zum Aufeinandertreffen mit den Pistons, die mit ihrer starken Defensive eine 2:0-Führung in der Serie herausspielten. Die widerstandsfähigen Nets gewannen die nächsten beiden Spiele und glichen aus. Jason war in Spiel 4 sensationell und legte gegen Detroit ein Triple-Double hin: 22 Punkte, 11 Assists und 10 Rebounds.
Als die Nets Spiel 5 gewannen, schienen sie alles unter Kontrolle zu haben. Aber die Pistons schlugen in Spiel 6 zurück und machten dann im Entscheidungsspiel gegen New Jersey den Sack zu. Es war eine bittere Niederlage für die Franchise und vor allem für Jason. In Spiel 7 war er einfach nur furchtbar, denn er schoss 0:11 aus dem Feld und blieb ohne Punkte.
Jasons Laune wurde im Sommer nicht besser, besonders nachdem die Nets Martin als Free Agent nach Denver ziehen ließen. An seiner Stelle nahmen sie eine Reihe von NBA-Gesellen unter Vertrag, von denen man nicht erwartete, dass sie einen großen Einfluss haben würden. Als die Saison 2004/05 begann, sah es so aus, als hätte New Jersey nichts mehr im Tank. Jason war eindeutig unglücklich. Als Jefferson mit einer Handgelenksverletzung ausfiel, drückten die Fans auf den Panikknopf.
Jason und die Nets reagierten mit einem beherzten Spiel. Dank eines heißen Finishs erreichte New Jersey mit 42:40 Punkten die Playoffs. Forward Nenad Krstic erwies sich als effektiver Rebounder und Inside-Scorer, und Frank zeigte, dass er mit wenig viel erreichen kann. Die wichtigste Entwicklung war jedoch der Erwerb von Vince Carter von den Raptors. Wiederbelebt durch seinen Rauswurf aus Toronto, fand Carter zu seiner All-Star-Form zurück und gab Jason den perfekten Laufpartner. Als Jefferson wieder vollständig gesund war, verfügten die Nets über einen gefährlichen dreiköpfigen Angriff, bei dem Krstic einen wertvollen Beitrag im Paint leistete. Jason, der selbst mit diversen Verletzungen zu kämpfen hatte, musste zwar einen Rückgang seiner Scoring- und Passzahlen hinnehmen, doch seine Führungsqualitäten blieben für seinen Klub von entscheidender Bedeutung.
Die Nets zogen in der ersten Runde die top-gesetzten Heat. Miami hatte in der Off-Season einen großen Trade getätigt und Shaq von den Lakers für Lamar Odom, Caron Butler und einige andere geholt. Da der große Mann jedoch an einem wunden Bein laborierte, rechneten viele mit einem Sieg von New Jersey. Doch es sollte nicht sein. Dwyane Wade war solide, Shaq schaffte es, seine Punkte zu machen, und die Bank von Miami war fantastisch. Die Nets hingegen schienen nicht im Rhythmus zu sein. Jason schoss schlecht, Carter versuchte, zu viel zu tun, und Jefferson kam erst in Spiel 3 in den Fluss der Dinge. Da war es schon zu spät. Die Heat gewannen die Serie mit vier Siegen.
Die Nets begannen die Saison 2005-06 mit einem intakten Dreigestirn aus Jason, Carter und Jefferson. Das gab New Jersey eine große Chance, in der immer schwächer werdenden Atlantic Division der NBA zu dominieren. Das taten sie mit einer soliden 49-Siege-Kampagne. Es dauerte eine Weile, bis die Nets einen Rhythmus gefunden hatten – die meiste Zeit der Saison wechselten sich Siege und Niederlagen ab. Jason musste anfangs viel Schuld auf sich nehmen, aber am Ende bekam er viel Anerkennung, als New Jersey 17 der letzten 22 Spiele gewann und mit großem Schwung in die Playoffs einzog. Er erzielte im Durchschnitt 13,3 Punkte, 8,4 Assists und 7,3 Rebounds. Carter brach mit 1.911 Punkten den Teamrekord und erzielte 23 Mal in Folge 20 oder mehr Punkte.
Die Nets schalteten in der ersten Runde die Pacers aus und gewannen vier von fünf Spielen, nachdem sie das erste Spiel zu Hause verloren hatten. In der zweiten Runde sah New Jersey in Spiel 1 gegen die Heat gut aus, verlor dann aber vier Spiele in Folge, darunter das 106:105-Finale. Miami gewann zwar die Meisterschaft, aber New Jersey musste zum zweiten Mal in Folge ein frühes Ausscheiden in den Playoffs hinnehmen.
Jason fand sich wieder unter dem Misstrauensschirm wieder. Obwohl er immer noch ein solider Defensivspieler und wie immer ein hervorragender Floor General war, gab es Fragen über seine Motivation und sein Alter. Jason hoffte, diese in der Saison 2006-07 beantworten zu können.
Das Auftauchen von Krstic als ein brauchbarer vierter Scorer ließ einige voraussagen, dass die Nets einen weiteren Anlauf auf die NBA Finals nehmen würden. Dieser Traum entgleiste in der ersten Hälfte des Jahres, als New Jersey von Verletzungen überwältigt wurde. Krstic fiel für die Saison mit einem kaputten Knie aus, und Jefferson verpasste ein paar Monate mit einem kaputten Knöchel.
Die Nets gingen mit einer Niederlage in den März, zogen aber nach Jeffersons Rückkehr auf .500 Punkte davon. New Jersey gewann 10 seiner letzten 13 Spiele. Jason war ein wichtiger Faktor. Er hatte ein hervorragendes Jahr, in dem er durchschnittlich 13,0 Punkte, 9,2 Assists und 8,2 Rebounds erzielte. Außerdem schaffte er es in das All-Defensive Second Team der NBA.
In der ersten Runde der Playoffs gegen die Raptors schaffte Jason alles mit 14 Punkten, 13 Assists und 10 Rebounds. Die Nets schlugen Toronto mit relativer Leichtigkeit, aber in der nächsten Runde trafen sie auf den glühenden LeBron James und die Cleveland Cavaliers. Erneut schied New Jersey in der zweiten Runde gegen den späteren NBA-Finalisten aus dem Osten aus.
Nach zwei Ausflügen in die NBA-Finals und mehreren knappen Niederlagen schienen die Nets in der Saison 2007/08 ihren Schwung zu verlieren. Jason spielte zu Beginn des Jahres hart und hoffte, das Team wieder aufzurichten, aber er dachte bereits über eine neue Adresse nach. Es schien klar, dass Jason das Gefühl hatte, dass die unterstützende Besetzung in New Jersey nicht mehr gut genug war, um um eine Meisterschaft mitzuspielen. Er ließ das Team schließlich wissen, dass er raus wollte. Ein Deal mit den Lakers schien eine Möglichkeit zu sein, aber LA weigerte sich, sich von dem jungen Center Andrew Bynum zu trennen.
Jasons Zahlen waren in der ersten Hälfte der Saison in den meisten Kategorien tatsächlich gestiegen, was den Nets half, ihn zu verlegen. Das Team, das sich schließlich mit einem anständigen Paket meldete, war Dallas, Jasons ursprünglicher Verein. Der Schlüsselspieler von den Mavs, der nach New Jersey ging, war Devin Harris. Dallas fügte auch zwei Draft Picks hinzu.