Homöotische Gene nehmen eine zentrale Position in der Hierarchie der Gene ein, die die frühen Schritte der Embryonalentwicklung bei Drosophila steuern. Sie sind an der Spezifikation der individuellen Identität der einzelnen Körpersegmente des Insekts beteiligt. Die meisten homöotischen Gene von Drosophila befinden sich in zwei großen Genclustern, dem Antennapedia-Komplex (ANT-C) und dem Bithorax-Komplex (BX-C). Diese Gene werden in zwei sich teilweise überlappenden Domänen exprimiert, deren Positionen entlang der anterior-posterioren Achse des Organismus kolinear mit ihrer Position innerhalb des jeweiligen Komplexes sind. Fünf Gene im ANT-C sind an der Spezifizierung der Identität einiger Kopfsegmente und der des ersten und zweiten Thoraxsegments beteiligt. Die drei Gene des BX-C bestimmen die Identitäten des hinteren Teils des zweiten und dritten Thoraxsegments und der acht Abdominalsegmente. Molekulare Untersuchungen haben ergeben, dass die von den homöotischen Genen kodierten Proteine ein 60 Aminosäuren umfassendes Motiv, die Homöobox, teilen, deren Helix-Turn-Helix-Struktur es ihnen ermöglicht, als Transkriptionsfaktoren an spezifische DNA-Sequenzen in den cis-wirksamen regulatorischen Regionen ihrer Zielgene zu binden. Der hohe Grad an phylogenetischer Konservierung der Homeobox hat die Identifizierung und Isolierung von mehr als fünfzig Homeobox-Genen (Hox-Gene) in vielen eukaryotischen Organismen ermöglicht, darunter Nematoden, Xenopus, Maus und Mensch. In den Genomen von Maus und Mensch sind die Hox-Gene in vier großen Genkomplexen, die sich auf separaten Chromosomen befinden, in Tandemanordnung geclustert. Die relativen Positionen der Gene innerhalb der Cluster und die Positionen der vorderen Grenzen ihrer Expressionsdomänen entlang der anterior-posterioren Achse des Zentralnervensystems und der prävertebralen Säule des Mausembryos erwiesen sich als kollinear. Die Ähnlichkeiten zwischen der Struktur, der Organisation und den Expressionsmustern der homöotischen Gene von Drosophila und der Homeobox-Gene der Wirbeltiere deuten darauf hin, dass einige grundlegende Prinzipien der embryonalen Organisation und Entwicklung während der langen Evolutionsperiode, die seit der Divergenz der phylogenetischen Linien, die zu den Wirbeltieren und Gliederfüßern führen, verstrichen ist, erhalten geblieben sind.