Zum Zeitpunkt seines Todes im Jahr 1993 drängte Frank Gail, sich aus dem Musikgeschäft zurückzuziehen, klärte aber nie, was mit seinem Verlagskatalog geschehen sollte. Im Jahr 2002 gründete Gail den Zappa Family Trust, der die Veröffentlichung seiner Aufnahmen überwachen sollte, darunter auch mehrere bisher nicht erhältliche Werke. Der Trust hält die Eigentums- und Urheberrechte an Frank Zappas musikalischen und künstlerischen Produkten, sowie an seinem kommerziellen Image. Im Juli 2015 wurde bekannt gegeben, dass Ahmet Zappa den Betrieb des Trusts übernehmen würde. Ahmets Geschwister Dweezil und Moon äußerten öffentlich ihre Frustration über seine Ernennung zu dieser Rolle.
Beschrieben als „eine willensstarke und versierte Geschäftsfrau“, legte sich Gail Zappa „häufig mit den Großen der Musikindustrie an…“. Sie schickte eine Notiz mit der Endung „Fuck you“ an Steve Jobs wegen der Schaffung des iTunes Stores. Sie kritisierte Tribute-Bands, die Zappas Musik spielen, und sagte: „Das ist absoluter Identitätsdiebstahl, denn aus meiner Sicht verdient es das Publikum von Frank Zappa, die Musik zu hören – vor allem, wenn sie zum ersten Mal gespielt wird – und zwar in einer Art und Weise, die dem entspricht, was der Komponist beabsichtigte.“
Klageerhebung
Im Jahr 2008 verklagte der Zappa Family Trust die Organisatoren des Zappanale Festivals, das außerhalb von Bad Doberan stattfand, und forderte sie auf, den Namen des Festivals zu ändern, ihre Werbeplakate zu entfernen (die einen angeblich markenrechtlich geschützten Schnurrbart enthielten, der dem von Frank Zappa ähnelte) und die Büste von ihm zu entfernen, die seit 2002 im Stadtzentrum stand. Im Januar 2009 entschied das Gericht zu Gunsten der Zappanale, nachdem deren Verteidigung argumentiert hatte, dass der Zappa Family Trust seine Markenrechte in Deutschland seit mehr als fünf Jahren nicht mehr wirksam ausgeübt habe, da er nur Produkte im Internet verkaufe und nur US-Dollar akzeptiere. Das Gericht entschied auch, dass die Verwendung des Schnurrbarts in den Waren von Zappanale hinreichend unterschiedlich war, um keine Verwechslung zwischen den beiden zu verursachen.