Borromeo werd op 7 februari 1560 benoemd tot administrateur van het aartsbisdom Milaan. Nadat hij had besloten de rol van bisschop in praktijk te brengen, besloot hij priester te worden gewijd (4 september 1563) en op 7 december 1563 werd hij in de Sixtijnse Kapel tot bisschop gewijd door kardinaal Giovanni Serbelloni. Borromeo werd formeel benoemd tot aartsbisschop van Milaan op 12 mei 1564 nadat de vroegere aartsbisschop Ippolito II d’Este afstand had gedaan van zijn aanspraken op dat aartsbisdom, maar hij kreeg pas een jaar later toestemming van de paus om Rome te verlaten. Borromeo deed zijn formele intrede in Milaan als aartsbisschop op 23 september 1565.
Hervorming in MilaanEdit
Na de dood van zijn oom, Pius IV (1566), droeg Borromeo wezenlijk bij aan de onderdrukking van de samenzweringen van het conclaaf. Voordat Borromeo naar Milaan ging, terwijl hij toezicht hield op de hervormingen in Rome, merkte een edelman op dat de laatstgenoemde stad niet langer een plaats was om zich te vermaken of fortuin te maken. “Carlo Borromeo heeft het op zich genomen de stad van boven tot onder te vernieuwen”, zei hij en voorspelde dat het enthousiasme van de hervormer “hem ertoe zou brengen de rest van de wereld te corrigeren als hij eenmaal klaar was met Rome.”
Daarna wijdde hij zich aan de hervorming van zijn bisdom, dat in de praktijk was verslechterd door de 80-jarige afwezigheid van de vorige aartsbisschoppen. Milaan was in die tijd het grootste aartsbisdom van Italië, met meer dan 3.000 geestelijken en 800.000 mensen. Zowel de geestelijken als de leken waren afgedwaald van de kerkelijke leer. De verkoop van aflaten en kerkelijke ambten was wijdverbreid; kloosters waren “vol wanorde”; veel religieuzen waren “lui, onwetend en losbandig”. Borromeo legde talrijke pastorale bezoeken af en herstelde de waardigheid van de kerkdienst. Hij drong erop aan dat kerken werden ontworpen in overeenstemming met de decreten van het Concilie van Trente, waarin werd bepaald dat sacrale kunst en architectuur zonder voldoende bijbelse onderbouwing in feite verboden waren, evenals het opnemen van klassieke heidense elementen in de religieuze kunst. Hij verdeelde het schip van de kerk in twee compartimenten om de geslachten bij de eredienst te scheiden.
Hij breidde zijn hervormingen uit tot de collegiale kerken, kloosters en zelfs tot de Broederschappen van Boetelingen, met name die van Sint Jan de Doper. Deze groep moest gevangenen en ter dood veroordeelden bijstaan en hen hulp en steun verlenen.
Borromeo geloofde dat misstanden in de kerk voortkwamen uit onwetende geestelijken. Een van zijn belangrijkste daden was het oprichten van seminaries, hogescholen en gemeenschappen voor de opleiding van kandidaten voor de heilige orden. Zijn nadruk op katholiek onderwijs deed de voorbereiding van mannen op het priesterschap sterk toenemen en kwam ten goede aan hun congregaties. Bovendien stichtte hij de broederschap van de Oblaten van Sint Ambrosius, een genootschap van wereldlijke mannen die geen priesterwijding volgden, maar zich wijdden aan de kerk en een discipline van monastieke gebeden en studie volgden. Zij verleenden bijstand aan parochies waar dat door de kerk was voorgeschreven. De inspanningen van de nieuwe aartsbisschop op het gebied van catechese en onderricht van de jeugd omvatten onder meer de eerste zondagsschoolklassen en het werk van de Broederschap voor de Christelijke Leer.
De diocesane hervormingen van Borromeo stuitten op verzet van verscheidene religieuze ordes, met name die van de Humiliati (Broeders van Nederigheid), een boetvaardige orde die, hoewel teruggebracht tot ongeveer 170 leden, zo’n negentig kloosters bezat. Sommige leden van die orde smeedden een complot tegen zijn leven, en in de aartsbisschoppelijke kapel werd een schot op hem afgevuurd. Zijn overleving werd als een wonder beschouwd.
In 1576 heerste er hongersnood in Milaan als gevolg van mislukte oogsten, en later een uitbraak van de pest. De handel in de stad viel terug, en daarmee ook de bron van inkomsten van de mensen. De gouverneur en veel leden van de adel ontvluchtten de stad, maar de bisschop bleef om de verzorging van de getroffenen en de stervenden te organiseren. Hij riep de oversten van alle religieuze gemeenschappen in het bisdom bijeen en won hun medewerking. Borromeo probeerde dagelijks 60.000 tot 70.000 mensen te voeden. Hij gebruikte zijn eigen geld en maakte schulden om de hongerigen te voeden. Tenslotte schreef hij aan de gouverneur, en wist hem met succes over te halen terug te keren.
Invloed op Engelse zakenEdit
Borromeo was ook betrokken geweest bij Engelse zaken toen hij Pius IV bijstond. Veel Engelse katholieken waren in die tijd naar Italië gevlucht vanwege de vervolgingen onder koningin Elizabeth I. Hij gaf pastorale aandacht aan Engelse katholieken die naar Italië waren gevlucht om te ontkomen aan de nieuwe wetten tegen het katholieke geloof. Edmund Campion, een jezuïet, en Ralph Sherwin bezochten hem in Milaan in 1580 op hun weg naar Engeland. Zij bleven acht dagen bij hem en spraken elke avond na het diner met hem. Een Welshman, Griffith Roberts, diende als zijn kanunnik theoloog, en een Engelsman, Thomas Goldwell, als vicaris-generaal. De aartsbisschop droeg een kleine afbeelding bij zich van John Fisher, die samen met Thomas More tijdens het bewind van Hendrik VIII was terechtgesteld en voor wie hij een grote verering koesterde. Tijdens de negentiende-eeuwse katholieke restauratie in Engeland zou kardinaal Wiseman een orde van Oblaten van Sint Charles oprichten, geleid door Henry Edward Manning, als een congregatie van wereldlijke priesters die de aartsbisschop van Westminster rechtstreeks ondersteunden.
Vervolging van religieuze dissidentenEdit
Hoewel de Diet van Ilanz van 1524 en 1526 vrijheid van godsdienst had afgekondigd in de Republiek van de Drie Liga’s, onderdrukte Borromeo het protestantisme in de Zwitserse valleien. De Katholieke Encyclopedie vertelt: “In november begon hij als apostolisch bezoeker een visitatie van alle kantons van Zwitserland en Graubünden, waarbij hij de zaken van zijn bisdom in handen liet van monseigneur Owen Lewis, zijn vicaris-generaal. Hij begon in de Mesoleina-vallei; hier moest niet alleen de ketterij bestreden worden, maar ook hekserij en tovenarij, en in Roveredo ontdekte men dat “de provoost of rector, de voornaamste was in tovenarij”. Tijdens zijn pastoraal bezoek aan de streek, werden 150 mensen gearresteerd wegens het beoefenen van hekserij. Elf vrouwen en de provoost werden veroordeeld tot de brandstapel.
Op de druk van de Protestantse Reformatie reageerde Borromeo door Ludwig Pfyffer aan te moedigen de Gouden Liga op te richten, maar hij heeft de oprichting in 1586 niet meer mogen meemaken. Deze organisatie (ook wel de Borromeïsche Liga genoemd), met zetel in Luzern, verbond activiteiten van verschillende Zwitserse katholieke kantons van Zwitserland, dat het centrum werd van de katholieke inspanningen voor de Contrareformatie. Deze organisatie was vastbesloten ketters te verdrijven en verbrandde sommige mensen op de brandstapel. Dit veroorzaakte ernstige spanningen in het civiele bestuur van de confederatie en leidde tot het uiteenvallen van het kanton Appenzell langs religieuze lijnen.